El museo catedralicio y diocesano de Pamplona comprende los edificios del conjunto catedralicio, casi todos góticos (catedral, claustro, capilla Barbazana, refectorio, cocina y cillería) y las obras de arte en ellos expuestas. Fue instalado en estos y otros locales al objeto de exponer en un lugar cómodo y accesible a las obras de arte del tesoro de la Catedral, a la vez, se intentaba recoger y exponer otras del arte religioso de las parroquias de Navarra extinguidas o incapaces de conservarlas con seguridad. En 1996 se cambió la instalación y se redujo drásticamente el número de piezas expuestas con criterios de calidad y presentación.
De este modo, de entre los fondos del Museo, se exponen en la actualidad, en el Refectorio, un grupo de tallas marianas, románicas y góticas, de los siglos XII-XV; otras, de santos, también medievales; pinturas sobre tabla de los siglos XV y XVI. otro grupo lo constituyen tallas renacentistas de los siglos XVI y XVII y algunas barrocas de los ss. XVII-XVIII. Siguen algunas muestras de pintura barroca y un lienzo de Vicente López, del s. XIX, que retrata al obispo Severo Andriani. Al fondo de la sala queda el templete con la custodia procesional, ambos de plata, del s. XVI, de la Catedral de Pamplona. En la Cocina, paneles didácticos sobre el arte y la historia de la Catedral y el claustro.
En la Cillería se han reunido piezas de orfebrería de la Catedral y parroquias de Navarra, además del gran Crucifijo de Juan Bazcardo, del s. XVII, algunas arquetas y piezas de marfil. Sobresalen el relicario del Santo Sepulcro, del taller de París en el siglo XIII, el relicario del Lignum Crucis, del s. XIV, ambos de plata dorada y esmaltes; el Evangeliario con guardas de plata del s. XVI, la cruz procesional de San Juan Bautista, parroquia de la Catedral y el crucifijo de marfil del s. XVIII, de la sacristía de la Catedral. En el centro de la sala pueden admirarse también en senas vitrinas, cruces procesionales de plata de los siglos XIV y XVIII.