Monseñor Francisco Pérez González nació el 13 de enero de 1947 en Frandovínez, un pequeño pueblo de la provincia de Burgos situado a 14 kilómetros de la capital de la provincia castellana. Con apenas once años ingresó en el Seminario diocesano de San José de Burgos en 1958, donde estudió Humanidades, Filosofía y Teología. Después de casi quince años de formación fue ordenado sacerdote en la ciudad de Trento, al norte de Italia en 1973.
Estudios y primera labor pastoral
Durante su ministerio sacerdotal realizó estudios superiores en la Pontificia Universidad de Santo Tomás «Angélicum» de Roma. Concluyó sus estudios en la Universidad Pontificia de Comillas, donde se licenció en Teología Dogmática. Ha sido vicario parroquial en Madrid y formador y director espiritual del Seminario Conciliar de Madrid. Estuvo encargado del Diaconado Permanente de la Archidiócesis de Madrid, y trabajó como miembro del Comité del Diaconado Permanente de la Conferencia Episcopal Española. Con la formación de la diócesis de Getafe, fue Director Espiritual del Seminario de Nuestra Señora de los Apóstoles de la Diócesis de Getafe y del Colegio Sacerdotal Castrense Juan Pablo II de Madrid.
Obispo de Osma – Soria
En 1995 se hizo público su nombramiento como obispo de la diócesis de Osma- Soria y fue consagrado en la basílica de San Pedro del Vaticano por el Papa Juan Pablo II, el 6 de enero de 1996. Tomó posesión de la Diócesis de Osma-Soria, el 11 de febrero de 1996, en la concatedral de San Pedro.
Durante su estancia en esta diócesis tuvo oportunidad de culminar las labores del Sínodo diocesano cuyas conclusiones fueron firmadas el 27 de diciembre de 1998, clausurándose solemnemente el XVI Sínodo Diocesano. Asimismo, en sus siete años como obispo en Soria, desarrolló una intensa actividad pastoral y tuvo ocasión de presidir diversos acontecimientos para la Iglesia diocesana. En 1997, su diócesis de Osma-Soria fue la sede de “La Ciudad de Seis Pisos”, una de las ediciones de las Edades del Hombre de las Diócesis de Castilla y León.
El Año Jubilar de 2000 estuvo jalonado por celebraciones por toda la geografía diocesana. Exposición sobre el Venerable Juan de Palafox y Mendoza en la Catedral, al cumplirse el 4º. Centenario de su nacimiento. El año 2001 se celebró el IX Centenario de la Restauración de la Diócesis Oxomense por el obispo san Pedro de Osma. Fue precisamente en este año 2001 cuando la Conferencia Episcopal lo propuso y fue nombrado como Director Nacional de las Obras Misionales Pontificias. En 2002, en su diócesis de Osma-Soria tuvo ocasión de presidir los actos de celebración del 4º. Centenario del nacimiento de la Venerable M. Sor María de Jesús de Ágreda.
Arzobispo castrense
El 30 de noviembre de 2003, la Santa Sede comunica su nombramiento como Arzobispo Castrense de España, sede de la que toma posesión el 11 de diciembre de 2003. En su labor como Arzobispo Castrense ha visitado a las tropas españolas en los diversos lugares en los que realizan misiones de paz. Asimismo ha participado en celebraciones de bautismo y de confirmación de los soldados de los diversos cuerpos del Ejército, preparados por los capellanes castrenses. Y ha oficiado los funerales de los soldados fallecidos en misión.
Arzobispo de Pamplona y Tudela
El 31 de julio de 2007 es nombrado por Benedicto XVI Arzobispo de Pamplona y Obispo de Tudela, en sustitución de monseñor Fernando Sebastián, que había regido estas diócesis desde 1993. Tomó posesión el domingo, día 30 de septiembre de 2007, en la Santa Iglesia Catedral de Pamplona. El Santo Padre Benedicto XVI le impuso el Palio Arzobispal en la Solemnidad de San Pedro y San Pablo, en una misa solemne en la Basílica Vaticana, el día 29 de junio del año 2008.
El día 8 de abril del año 2011, cesa como Director Nacional de Obras Misionales Pontificias en España, cargo para el que fue nombrado por un periodo de cinco años y que, en 2006, había sido ratificado para otros cinco. Transcurrido este segundo periodo, es imposible una nueva reelección.
En la Conferencia Episcopal Española, ha sido miembro de las Comisiones Episcopales del Clero y de Seminarios y Universidades (1996-1999); de Misiones y Cooperación entre las Iglesias (1999-2011/2014-2017). Perteneció al Comité Ejecutivo durante el trienio 2011-2014. Ha sido miembro de la Comisión Permanente en representación de la Provincia Eclesiástica de Pamplona (2016-2017). Fue presidente de la Comisión Episcopal de Misiones y Cooperación entre las Iglesias, desde marzo de 2017.
Actualmente en la CEE es presidente de la Comisión Episcopal para las Misiones y Cooperación con las Iglesias desde marzo de 2020. Es además miembro de la Comisión Permanente.
El 13 de enero de 2022, al cumplir los 75 años que prescribe el código de derecho canónico, presenta la renuncia al Papa como arzobispo de Pamplona.
El 12 de febrero de 2022, el santo Padre lo nombra Administrador Apostólico de la diócesis de San Sebastián, cargo que ejerce hasta el 17 de diciembre de 2022, momento en que toma posesión el nuevo obispo de San Sebastián, Mons. Fernando Prado Ayuso.
El 9 de noviembre de 2023 el Papa Francisco acepta su renuncia como Arzobispo de Pamplona, nombrando como sustituto en esta sede a Mons. Florencio Roselló Avellanas.
El mismo día el Santo Padre le nombra Administrador apostólico de la archidiócesis de Pamplona y Tudela hasta la consagración y toma de posesión del nuevo arzobispo.
El 13 de enero de 2024, coincidiendo con el 77 cumpleaños de don Francisco Pérez, se celebra una concurrida Misa de despedida en la Catedral de Pamplona, en la que el pueblo de Navarra le agradeció su guía pastoral de la diócesis de Pamplona-Tudela durante 17 años.