La tradición remonta los orígenes de la fe cristiana en Pamplona a san Saturnino (también conocido como san Cernin), obispo de Toulouse (Francia), quien, a mediados del siglo III, predicó el Evangelio en la pequeña colonia romana fundada por Pompeyo. Entre los primeros convertidos se encontraba el senador Firmo y su hijo Fermín, que más tarde se convertiría en el primer obispo de la ciudad. Independientemente del grado de historicidad que tenga la relación de ambos santos con Pamplona, la comunidad cristiana de Navarra venera hoy día, bajo los nombres de Saturnino y Fermín, al primer transmisor de la fe y al primer receptor autóctono de la misma, respectivamente.
De todos modos, por conjeturas históricas razonables, se puede afirmar que el cristianismo estaba ya asentado en Pamplona a finales del siglo IV. Ahora bien, la primera mención de un obispo de Pamplona, de nombre Liliolo, se registra en las actas del III Concilio de Toledo (año 589), en el que se produjo la conversión del pueblo visigodo al catolicismo.
Con la invasión musulmana en el año 711, se pierden las noticias sobre obispos pamploneses hasta el año 829 que reaparecen coincidiendo con los primeros impulsos para la creación del reino pamplonés.
En torno al Camino de Santiago surgirían, en la edad media, los principales núcleos urbanos del reino de Navarra. Y destaca en este tiempo la irradiación religiosa y cultural de los monasterios de Leyre, Irache, Fitero, Iranzu, y La Oliva.
A principios del siglo XIII, cuando se estabilizan las fronteras del reino de Navarra su territorio se reparte en seis diócesis. El obispo de Pamplona controlaba gran parte del territorio navarro y extendía su jurisdicción a territorios castellanos (Guipúzcoa) y aragoneses (Valdonsella). A su vez, territorios de la periferia navarra estaban adscritos a obispos aragoneses (Zaragoza y Tarazona), castellanos (Calahorra) y franceses (Bayona y Dax).
En el siglo XVI los territorios navarros regidos por obispos franceses se incorporaron a la diócesis de Pamplona. En el siglo XVIII Pamplona perdió la Valdonsella que pasó a Jaca y en el siglo XIX perdió igualmente la parte de Guipúzcoa para constituir la diócesis de Vitoria.
El 27 de marzo de 1783 el papa Pío VI erigió la diócesis de Tudela, dependiente de la archidiócesis de Burgos y, a partir de 1851, de Zaragoza. La vida de esta nueva diócesis con obispo propio fue muy breve ya que, a partir del año 1858, los obispos de Tarazona la asumieron en calidad de administradores apostólicos. A partir del año 1955 la sede pamplonesa se hizo cargo de la diócesis de Tudela.
En ese mismo año se incorporaron a la diócesis de Pamplona las parroquias navarras que pertenecían a las diócesis de Calahorra, Tarazona y Zaragoza. Los límites eclesiásticos coincidieron así con los civiles, vieja aspiración de los reyes de Navarra.
El 11 de agosto de 1956, el papa Pío XII promulgó la bula Decessorum nostrorum, por la cual Pamplona fue elevada al rango de archidiócesis metropolitana y se le asignaron como sufragáneas las diócesis de San Sebastián, Calahorra, Jaca y Tudela. Hasta entonces la diócesis de Pamplona había pertenecido sucesivamente a las metropolitanas de Tarragona (desde sus orígenes hasta 1318), Zaragoza (de 1318 a 1574), Burgos (de 1574 a 1851), y de nuevo Zaragoza (desde 1851).
La unificación eclesiástica del territorio navarro concluyó el 11 de agosto de 1984, cuando el papa Juan Pablo II, por la bula Supremam exercentes, unió de forma definitiva las diócesis de Pamplona y de Tudela bajo el cayado de un mismo pastor que sería conjuntamente arzobispo de Pamplona y obispo de Tudela.
Mons. Fernando Sebastián Aguilar fue nombrado Arzobispo de Pamplona y Obispo de Tudela el 26 de marzo de 1993, por S.S. Juan Pablo II y tomó posesión el 15 de mayo del mismo año. Es en la actualidad Arzobispo emérito.
Mons. Francisco Pérez González fue nombrado Arzobispo de Pamplona y Obispo de Tudela el 31 de julio de 2007, por S.S. Benedicto XVI. Tomó posesión el 30 de septiembre de 2007.